Det bekrefter Premier League-lederen i en pressemelding. Partnerskapet vil ha vart i åtte sesonger når det avsluttes i juni neste år.
Arsenal opplyser at bruddet er en avgjørelse som er truffet sammen med sponsoren Visit Rwanda. Klubben har spilt med logoen til den statlige turistkampanjen på draktermet, og det fortsetter ut sesongen.
I april protesterte Arsenal-supportere mot det omstridte samarbeidet. BBC har tidligere meldt at avtalen skal være verdt over 130 millioner kroner i året.
Det som i hovedsak har gjort sponsoren problematisk, er volden som de siste årene har herjet i det østlige Kongo, som grenser til Rwanda. Kongo beskylder nabolandet for å ha bevæpnet og støttet opprørsbevegelsen M23.
Konflikten har kostet tusenvis av mennesker livet og utløst en humanitær krise. Tidligere i måneden skrev Kongo og M23 under på et nytt rammeverk for fred.
Rwanda fortsetter å ha samarbeidsavtaler med de europeiske storklubbene Paris Saint-Germain, Bayern München og Atlético Madrid.
